長洲很早已有人聚居，乾隆年間更建立墟市，多間廟宇相繼出現。香港島被英國管治之後，外籍傳教士開始遠赴這個小島傳揚福音，興建教堂和學校，給長洲帶來了文化衝擊。

　　香港開埠後翌年，美國浸信會牧師羅孝全、叔未士和粦為仁先後抵港，建立首間華人教會。以潮汕人士為傳教對象的粦為仁牧師，一八四三年七月與華人助手前往當時仍屬清朝管轄的長洲布道，他選擇長洲是因為島上聚居了許多惠潮人士。一八五一年，浸信會將長洲一座民房改為聖堂，並辦女校。一百年後在新興後街興建一座麻石教堂，今天仍堅固屹立，只因被樓房包圍，甚少遊人留意。

　　英國「租借」新界後，清廷撤走長洲的官兵，更多傳教士陸續到來。一九○四年倫敦傳道會在長洲開基，初期在船廠舉行崇拜，一九一五年租用大新街一樓宇作為基督教談道所，並附設端儀女校。三三年倫敦傳道會將香港包括長洲的事工交予中華基督教會廣東協會第六區會主理。四一年獲教友捐獻堂址建立今日的長洲堂，是長洲歷史第二最悠久的教會。

　　長洲另一間用麻石建造的教堂是中華便以利會長洲堂，該會西教士於一九三四年到來開展事工，借用教友的漁船進行崇拜，後來租用新興街的鹽倉。三六年購地建堂，外貌猶如城堡，至今未有重建，是島上現存最古老的教堂建築，可是沒有被古蹟辦納入歷史建築評級名單。

　　島上還有三間基督教堂和一間天主教堂。天主教的恩理覺主教於一九三○年代派遣神父到長洲牧民，使用大新後街一間簡陋小屋布道，五二年覓地建堂，名為長洲花地瑪聖母堂。教會每年舉行花地瑪聖母出遊，有飄色跟隨，但與太平清醮不同，飄色上的小孩扮演傳播福音的天使。