香港特區政府與內地在協商高鐵「一地兩檢」方案時對多種突發情況都做出了充分評估。權威人士向《大公報》表示，若高鐵西九龍總站內地口岸區突然爆發疫症，將由兩地協商處置，病人進一步處置由特區方面後續完成。對於內地口岸區運行中可能出現的恐怖襲擊，內地有關部門將採取必要措施防範、應對。而旅客在進入西九龍站前，將按照內地與特區雙方運營協議確定的標準進行運輸安全檢查，這樣可以避免旅客在進入內地口岸區時再接受安檢。

　　權威人士指出，內地口岸區運行中可能出現的突發公共衛生事件由雙方協商處置，病人進一步處置由特區方面後續完成。對於在候車區等處的公共衛生事宜，例如吸煙，適用哪方法律，權威人士表示，內地口岸區內候車區的公共衛生事項適用內地法律，其他區域候車區則適用香港法律。

　　方便旅客又提高效率

　　至於安檢問題，權威人士透露，旅客在進入西九龍站前，將按照內地與特區雙方運營協議確定的標準進行運輸安全檢查，這樣可以避免旅客在進入內地口岸區時再接受安檢，既方便旅客，又提高效率。換言之，旅客進入西九龍站只需安檢一次。對於內地口岸區運行中可能出現的恐怖襲擊，內地有關部門將採取必要措施防範、應對。例如，在口岸安裝核生化監測裝置對人員及行李攜帶物進行監測，制定涉突發事件應急處置預案，聯檢單位進行核生化涉恐事件處置演練等。

　　權威人士強調，香港回歸20年來，內地公安機關和國家有關部門與香港特區政府相關部門不斷深化和加強反恐交流，我們相信，有內地有關執法部門的強有力執法和雙方的專業合作為保障，有包括香港同胞在內的廣大民眾的支持，香港西九龍站內地口岸區的安全和所有乘客的合法權益一定能夠得到有效保障。

　　對司法管轄權作清晰劃分

　　權威人士表示，兩地政府對於口岸運行管理中的事項設立了完備的協調對接機制，設立了多個小組就內地口岸區管理、清關安排、應急救援和法律等事宜進行對接。從確保對接的便利及有效考慮，內地這方面工作主要由深圳市政府牽頭負責。權威人士又指，兩地合作安排對內地口岸區的管轄權包括司法管轄權作出了清晰劃分，因此，一般不會出現司法管轄權衝突的情況。如果出現衝突，可根據合作安排有關爭議處理條款的規定，本着相互合作、互相支持、互諒互讓的精神，協商解決。