作為獨立調查學者，李曉方屬於「單兵作戰」，調查過程中困難重重，更有無數委屈。
單是覓得幸存者名單就極為艱難。最初，李曉方聯繫民政及有關部門，對方常以「尊重受害者、保護受害者隱私」為由婉絕。他沒有氣餒，找來公開出版的南京大屠殺受害者名錄書籍，列出1930年以後出生的受害者，從中挑選出200多個名單按地址逐一尋訪。李曉方苦笑說：「這種調查方法，猶如大海撈針，往往是無功而返，因為書中受害者的地址都是當年受害時的地址。南京城建設早已翻天覆地，這些原地址早就不存在了。即便偶爾找到一位尚存的受害者住址，但老人卻已去世多年」。
李曉方沒有因而卻步，他從媒體報道中尋受害者信息，到警方派出所中找受害者戶籍信息，赴街道社區挖掘受害者線索等等。李曉方慨嘆：「當我歷經千辛萬苦，終於找到受害者時，大多數時候是被拒絕訪問」，「我無數次被拒門外。」
2015年1月15日，李曉方趕往江寧區湯山街道作廠社區曹家2號，叩開南京大屠殺幸存者曹洪寶老人家門，曹洪寶侄子其時說：「這麼晚了，還跑到農村採訪是根本不可能的事，哪有這麼敬業的人？」半小時後，前來調查的警察仔細詢問相關情況，證明他不是騙子，調查採訪才得以繼續。
