分為生態保護區、封閉保育區和開放遊覽區共3個功能區：
（一）生態保護區：總面積588平方公里，為九寨溝國家級自然保護區的核心區和緩衝區，實行嚴格保護，禁止除管理部門允許開展的科學研究外的一切人為活動。
（二）封閉保育區：為景區的保護與恢復重點區，暫時不對遊人開放，根據保護與修復的具體情況逐年減少面積，直到完全開放。
•一期（2018年）總面積24平方公里，
•二期（2019年）面積15平方公里，將對區內發生重大改變的老虎嘴，發生較大改變的熊貓海瀑布（高瀑布）、熊貓海、箭竹海、珍珠灘瀑布和劍岩等景點進行充分勘察、監測和評估，研究制定一案一策的具體措施。
（三）開放遊覽區：在保障區內安全和接待能力恢復的前提下，有序組織遊覽，根據保護與修復的具體情況逐年增加面積。
•一期（2018年）總面積108平方公里
•二期（2019年）總面積117平方公里，將對區內發生重大改變的景點火花海和諾日朗瀑布、發生較大改變的雙龍海進行充分的勘察、監測和評估，研究制定一案一策的具體措施。
•三期（2020年）總面積132平方公里，將治理地質災害隱患，全面修復區內受損設施。
（記者向芸整理）
