香港是全球首個發生禽流感感染人類並導致人類死亡的地區。1997年至2003年，香港共爆發了5次禽流感，23人染病，7人死亡，引起公眾的極度恐慌，禽流感病毒蔓延下，政府先後4次合共銷毀了300多萬隻家禽，向業界提供超過2億元的補償和特惠津貼。遏制禽流感的爆發成為回歸後董建華政府面對的一大挑戰。

董建華高度重視禽流感，處處顯示誠意和承擔去解決問題。他曾表示政府要確保市民的健康，短期來講要盡快銷毀雞隻清潔乾淨，研究根源究竟發生在哪裏，長遠來講要找出一個徹底解決問題的辦法，包括中央屠宰制度。

2003年春天，嚴重急性呼吸系統綜合症（沙士，SARS）突襲香港，令1750多人受感染，更奪去近300條寶貴的生命。董建華多次與國家和廣東省衞生部門官員會面，商討加強傳染病的信息通報機制；果斷引用《檢疫及防疫條例》，宣布一系列措施，阻止傳染病擴散；多個政府部門攜手進行全港清潔大行動，以在社區層面控制病毒傳播；全港大中小學、幼稚園亦宣布停課。

2003年6月24日令董建華難以忘懷，因為在那一天，世界衞生組織宣布，香港沒有SARS了。「（沙士期間）是我做特首的過程中，最難過的一段時間。」