對經常駕車往返深港兩地的司機而言，重建後皇崗口岸帶來的變化更為直觀。口岸配置了28條「五合一」車輛合作查驗通道，首次將深圳海關、深圳邊檢、香港入境事務處、香港衞生署、香港海關五家查驗單位的監管流程整合到同一套設備。

通道採用三道閘智能聯動：第一道閘常開，車輛無需停車直接駛入；第二道閘司機停車，一次採集車輛備案、司機體溫、證件、指紋等信息，五方數據後台同步核驗；無異常車輛通過第二道閘後，第三道閘短暫停留即可打開。

8月29日，皇崗口岸舉行迄今最大規模跨境聯合演練，2萬餘人次、2000餘輛車次參與，「五合一」車輛合作查驗通道首次全數投入實測。參與測試的司機反饋，過往過關「至少要十多分鐘至二十分鐘，但現時『五合一車檢』，一分鐘內便完成」。

值得留意的是，小客車乘客無需再往返旅檢大廳，就近在隨車查驗廳完成信息核驗、海關查驗後，即可與車輛同步放行。