土地徵收困難

印度高鐵徵地進度嚴重滯後。根據印度《土地徵收、復興及安置法》，基建項目須取得逾80%受影響家庭書面同意。項目線路跨越兩邦，總理莫迪政治大本營古吉拉特邦推進較快；但馬哈拉施特拉邦地方此前由反對黨執政，拒絕配合拆遷，致使該路段徵地直到2022年前後才取得實質突破。

成本大幅飆升

項目最初批准的預算為1.08萬億盧比（約891億港元），約8成通過日本政府開發援助（ODA）批出的日圓貸款籌集。為了減少徵地，工程項目線路不斷更改，再加上日圓匯率變動及材料成本上漲，今年印度政府公開預算總成本飆升約1.98萬億盧比（約1634億港元）。

極端氣候挑戰大

印度的地理環境與氣候對照搬新幹線技術提出嚴苛考驗。鐵路沿線夏季常年出現45℃以上極端高溫，對軌道與線纜抗熱脹冷縮性能要求極高；而雨季強降雨及洪澇，亦嚴重威脅路基安全。

車輛用「印度製造」

印度高鐵原本計劃全套引進日本新幹線，包括最新型車輛「E10系」。印方國內也出現聲音，只要日本鋪設線路，可引進歐洲列車和使用國產車輛。印度強制要求採用歐洲信號標準，致使日本專有系統出局，訂單落入德國西門子囊中。印度希望2027年內首段通車時優先採用國產列車，進一步激化雙方矛盾。

日印文化差異

日印談判文化與管理理念分歧巨大。印方爭取合同調整有彈性、推動技術本土化，極力壓低成本；日本堅持全套打包出口新幹線標準，而日方部分官僚高姿態亦引發印方不滿。有談判代表指出，日印兩國對高鐵存在文化差異，其中包括對延誤的容忍程度不同。