2024年8月30日，自然資源部南海發展研究院聯合多家單位共同編製的《仙賓礁珊瑚礁生態系統調查報告》（下稱《報告》）發布。《報告》基於衛星遙感和現場調查數據，首次全面系統評估了仙賓礁珊瑚礁生態系統狀況，科學準確分析了仙賓礁沙洲的發育形成過程及其影響。《報告》顯示，中國仙賓礁珊瑚礁生態系統處於總體健康的狀態，表明菲律賓炮製的所謂中國在仙賓礁人工堆積珊瑚碎屑導致該區域珊瑚大量白化死亡等言論，毫無科學和事實依據。

調查發現，在仙賓礁海域有較多船舶活動，特別是在潟湖內有相當數量未經許可進入的菲律賓船舶聚集活動，這些船舶的錨泊與捕撈活動可能影響到該區域珊瑚的正常生長。一段由科研團隊提供的仙賓礁海底科考視頻顯示，科研人員在仙賓礁潛水的過程中發現部分貼有菲律賓文的廢棄包裝物，此外還發現一些纏繞在珊瑚之上的破舊漁網以及廢棄人工金屬物。這表明除了敵害生物、肉質大型藻類之外，仙賓礁局部區域的珊瑚生長還面臨人類活動的影響。

參與調查的專家表示，調查期間，中方調查編隊遭遇菲方監視干擾。有南海問題專家指出，菲律賓在仙賓礁的挑釁活動得到了美國支持，但菲方不應錯誤地認為，在華盛頓支持下就可以公然挑戰中國的紅線。