審計署是今次國務院改革中重點加強的部門之一。審計署成立於1983年，屬於國務院組成部門，職責是對財政財務收支及相關經濟活動、國家重大政策措施和宏觀調控部署等進行審計監督，維護財經秩序。為了履行職責，除內設機構外，審計署還向中央國家部委派出20個審計局，在各省區市派駐18個特派員辦事處，承擔具體審計業務。

　　但由於資金撥付及出資投資體制的多元化，財經監管權責長期處於交叉分散狀態。除了審計署的派出、派駐機構，財政部在各省區市派駐財政監察專員辦事處，國資委設立國有重點大型企業監事會向大央企派駐辦事處，國家發改委則設有重大項目稽察特派員辦公室，監管機場、鐵路、油氣管道、水電等重大投資項目。這造成重複檢查、程序繁複、推高成本。

　　今次改革，將審計署、財政部、發改委、國資委四大系統的監督職責合一，並對派駐力量進行優化，將構建統一高效審計監督體系，強化中央對宏觀調控及資金運用的管控，保障經濟健康運行。

　　除了資金項目審計，審計署還負責領導幹部經濟責任審計，在反腐工作中扮演重要角色。原鐵道部部長劉志軍、國家開發銀行原副行長王益等「大老虎」，都是由審計工作先發現線索並移交中紀委而進行查處的。因此，審計與紀檢監察、司法一道，被譽為反腐「三大利劍」。在軍隊改革中，就單設了軍委審計署，與軍委紀委、軍委政法委一樣直屬軍委領導，形成監督鏈路。

　　十九屆三中全會通過的《中共中央關於深化黨和國家機構改革的決定》提出，加強黨對審計等16項工作的領導。這是審計首次被列入黨中央議事協調機構改革清單。此前審計署在傳達十九屆三中全會精神時也提出，「構建黨統一指揮、全面覆蓋、權威高效的監督體系，保障依法獨立行使審計監督權」。因此，在國務院機構改革後，審計體制改革未來還將繼續延伸。